* Конфликт поколений и мировоззрений. Это центральная тема романа. Она раскрывается не только в семейном плане (отношения Николая Петровича с Аркадием, Базарова с родителями), но и как столкновение двух социальных лагерей: либерального дворянства («отцы») и демократов-разночинцев, сторонников нигилизма («дети»). Споры Базарова с Павлом Петровичем Кирсановым охватывают вопросы о путях развития России, отношении к народу, науке, искусству, вере. Тургенев показывает, что ни одна из сторон не обладает абсолютной истиной: старшее поколение слишком консервативно, а молодое — слишком радикально.
* Нигилизм и его ограниченность. Философия Базарова строится на радикальном отрицании: он отвергает искусство, любовь, религию, считая их пережитками прошлого. Тургенев подвергает эту систему взглядов испытанию любовью и смертью, демонстрируя её несостоятельность.
* Любовь как испытание. В романе несколько любовных линий, каждая из которых раскрывает характер героя. Для Базарова, нигилиста, отрицавшего любовь, это чувство становится потрясением. Аркадий, изначально подражавший другу, в итоге выбирает семью и любовь к Кате. Павел Петрович, чья жизнь была разрушена роковой страстью к княгине Р., так и не смог оправиться от этого удара. Николай Петрович находит счастье в союзе с Фенечкой.
* Смысл жизни и счастье. В начале романа Базаров видит смысл в практической пользе, в преобразовании природы («природа не храм, а мастерская»). Однако жизненные испытания заставляют его пересмотреть прежние взгляды. Идеал Николая Петровича — гармоничная жизнь в семье и труде.