Объект был возведен в 1756 году по указу Елизаветы Петровны, который гласил: «Колодников, подлежащих ссылке в Оренбург, долговременно в тюрьмах не держать, а отсылать немедленно, отбирать годных в рекруты и на любую работу». Каторжан направляли в Илецкую Защиту для работы на шахтах по добыче соли. В 1824 году крепость была разрушена, и на ее месте был воздвигнут острог для содержания арестантов. До Октябрьской революции он служил сначала пересыльной тюрьмой, затем концентрационным лагерем, а по окончанию войны получил статус Соль-Илецкой тюрьмы УНКВД для содержания подследственных. Затем в 1965 году учреждение было преобразовано в исправительную колонию особого режима для заключенных с открытой формой туберкулеза. И лишь в начале 2000-х был определен его нынешний статус – исправительной колонии для содержания осужденных, приговоренных к пожизненному заключению. В этот же период в сжатые сроки были проведены глобальная реконструкция здания и капитальный ремонт всех корпусов и сооружений. В связи со сменой вида режима и контингента сидельцев были установлены новые камеры видеонаблюдения, системы слежения и пропуска на территорию, построены новые блокпосты и увеличено количество служебных собак. А в 2006 году был открыт новый режимный корпус.